云南中医药大学学生处党委学工部（处）、武装部、学生中心是主管全校本科生教育管理服务工作的职能部门。主要负责本科生思想政治教育、日常管理服务、奖优助困、心理健康教育、劳动教育、国防教育、辅导员队伍建设发展等工作。
本部门共设置6个科室。
1. 学生思想政治教育科（辅导员发展与研究中心）
2. 心理健康教育与服务中心（学生心理健康教育教研室）
3. 学生资助管理科
4. 一站式学生社区服务中心（学生宿舍管理科）
5. 学生管理科
6. 国防教育科
7. 综合办公室